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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出诸多的海洋生物活性氧，是指抗良性肿瘤和抗虫毒效应。一般是，三萜是顺利通过甲羟戊酸有效途径制成的，并从先天沉水植物和细菌中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发布了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发论文怎么写。该研发看见三萜类无机化合物虫草酸（GA）是根据液滴培养计划的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋海洋生物转换成带来的。采用转录组和蛋清质组学技能进那步探讨无柄虫草粉菌丝体中DHT带来哪几种虫草粉酸（GA）的机理，并要根据几组学技能论文检测到的相互影响表观遗传和相互影响蛋清，推断DHT 海洋海洋生物组成 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和的功能划分

展开对无柄虫草病菌菌丝体展开转录组测序共取得67230个转录本和1429八个单DNA。在这么多单DNA中，49俩个被鉴别为对比表答DNA（DEGs），另外213个表答调涨，279个表答上涨（图1A）。GO聚集探讨后，DEGs构成生物制品方式（BP）、細胞因素（CC）和分子成分功能键（MF）3类。在BP类属中，显现了前两个子类属：四环素溶解新陈排泄方式，乙酸盐新陈排泄方式和甲酸盐新陈排泄方式;而在CC类属中，細胞外区、突触塑料体、突触成分是前两个亚类。我们对MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化酶、防氧化呈现酶化学活化酶和酸氨（或酰胺）衔接酶化学活化酶是前两个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG网络信号径路探讨中，前30条聚集度最高的的网络信号径路中含27条隶属于新陈排泄，另外二氧化氮新陈排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈排泄、丙酸盐新陈排泄网络信号网络信号径路相关性聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和技能类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

采用对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体开展淀粉酶酶质组学了解，共设选择了16,457种特别肽、2606种淀粉酶酶质和2588种参考值淀粉酶酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的挑选前提下，我在这2606种淀粉酶酶质中，94种被监定为地域差别的展现淀粉酶酶（DEPs），这之中52种上浮，42种调低（图2A），图2C提示了地域差别的展现淀粉酶酶的聚类算法了解热图。从GO了解看到，BP种类提示，大多都数DEPs积极参与乙酸盐工业制硝酸整个步骤、抗菌素工业制硝酸工业制硝酸整个步骤和口服药物工业制硝酸工业制硝酸整个步骤。CC类DEPs在血生殖组织癌细胞外区、过脱色物酶体和微体中平均水平极高，脱色复原酶灵化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）灵化学活化在MF类中DEPs的数量极高（图2B）。与转录组但是一样，KEGG环路了解提示，不少DEPs在工业制硝酸中聚集，这之中3条最聚集的前提条件是光合生态学中的碳确定、碳工业制硝酸和MAPK讯号环路（图2D）。凡此种种，采用了解GO数据源库的CC对DEPs开展亚血生殖组织癌细胞手机定位了解和注解（图2E），DEPs注意分布不均在血生殖组织癌细胞质（40.66%）、血生殖组织癌细胞质（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs生态学聚合的注意位址。

图2|蛋白酶质组的酶联免疫法分折和技能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转成和對照组得票数DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个差距抒发dna（图3A）。对转录组和血清酶质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs对其进行聚类分折分折，发展mRNA和血清酶质两者之前有1五个上涨dna和五个降低dna，DEGs与其说当地翻译的DEPs抒发能力呈正关于，因为Pearson的关于指数分折，在转录组和血清酶质组两者之前判断到对于较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查导致表明，E组和C组1一个DEGs的表示情况差别的同质性，这之中9个为调涨DEGs，多个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示大趋势与转录混合物析导致同样。

图3|血清质组的化学发光法定量分析和功能模块查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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